تمارس مديرية الخزينة المركزية المهام التالية:

1ـ تنفيذ جميع العمليات الخاصة بدفع النفقات داخل الموازنة العامة وخارجها وقبض الواردات داخل الموازنة العامة وخارجها وفق القواعد المقررة نظامياً، وذلك بالنسبة للوزارات والإدارات العامة المركزية والهيئات العامة ذات الطابع الإداري التي لا تشكل وحدات حسابية مستقلة ومديرية مالية محافظة دمشق.
2ـ ممارسة مهام قسم الخزينة بالنسبة لمديرية مالية محافظة دمشق ومحافظ ريف دمشق، ريثما يتم إحداث قسم خزينة مستقلة بالماليتين المذكورتين.
3ـ مسك حسابات نفقات وواردات الموازنة العامة وتنظيم كشوفها الحسابية اليومية وجداولها الشهرية بالتعاون مع إدارة الحاسب الالكتروني وإجراء المطابقة عليها.
4ـ مسك الحسابات خارج الموازنة العامة (السلف، الأمانات، حركة النقود) وكذلك حسابات الصندوق المركزي والصناديق المساعدة والحسابات المصرفية، وتنظيم كشوفها الحسابية اليومية وجداولها الشهرية وإجراء المطابقة عليها.
5ـ تتبع الحسابات والكشوف والجداول السنوية للحسابات داخل الموازنة وخارجها الخاصة بمديرية الخزينة المركزية، وبالتالي تنظيم حساباتها الخاصة وجداول موازنتها السنوية
الأخيرة وإجراء المطابقة عليها وإيداعها أصولاً إلى الجهاز المركزي للرقابة المالية ومديرية
الحسابات العامة.
6ـ إدارة صندوق الخزينة المركزي وسائر الصناديق المساعدة المرتبطة به، واقتراح تحديد سقوف العمليات فيها ومراقبتها وإجراء المطابقات اليومية لموجوداتها النقدية.
7ـ إدارة ومسك الحسابات الخاصة بالعمليات المصرفية المركزية مع المصرف المركزي وإجراء المطابقة اللازمة مع الكشوفات.
8ـ إدارة حركة النقود بين الخزينة المركزية من جهة والمحافظات ومناطق محافظة وريف دمشق والوحدات الحسابية المستقلة المرتبطة بالموازنة العامة بكامل نفقاتها وإيراداتها من جهة أخرى، وإجراء المطابقة عليها.
9ـ إدارة عمليات توزيع الطوابع والأوراق ذات القيمة وحفظ الودائع العينية ضمن الحدود والقواعد التي تحدد بقرار من الوزير.
10ـ إعداد جداول المعاشات التقاعدية التي يتم صرفها من الخزينة المركزية وتسديدها إلى المتقاعدين المستحقين أصولاً.
11ـ حفظ الأوراق المثبتة العائدة للخزينة المركزية وتصنيفها وتقديمها للتدقيق أصولاً من قبل الجهاز المركزي للرقابة المالية وكذلك حفظ سائر السجلات والدفاتر والبطاقات الحسابية وجداول وكشوفات العمليات بما في ذلك الجداول والبيانات التجميعية التي يصدرها الحاسب الالكتروني نظامياً.
12ـ المشاركة مع مديريات الإدارة المركزية ذات العلاقة في دراسة وتطوير النظام والعمليات الحسابية والسجلات وسائر النماذج والبيانات والجداول المتعلقة بالحسابات داخل وخارج الموازنة العامة.
13ـ وبصورة عامة معالجة كل ما له علاقة بعمليات الخزينة المركزية ولا يدخل في اختصاص المديريات الأخرى.

تتألف مديرية الخزينة المركزية من:

1ـ دائرة نفقات الموازنة.
2ـ دائرة واردات  الموازنة.
3ـ دائرة الأمانات.
4ـ دائرة السلف.
5ـ دائرة حركة النقود.
6ـ دائرة العمليات المصرفية.
7ـ دائرة أمانة الصندوق المركزي.
8ـ دائرة الحسابات الرئيسية وقطع حساب الموازنة.
9ـ دائرة الطوابع والأوراق ذات القيمة والودائع العينية.
10ـ دائرة شؤون المتعاقدين.
11ـ دائرة الشؤون العامة.
12ـ شعبة الشؤون الإدارية.